La Comisión se formó a partir de la sensibilidad existente en la sociedad civil internacional hacia la aguda violencia existente en Chiapas. La masacre de Acteal (22 de diciembre de 1997 en la que fueron asesinados 45 campesinos: 15 niños, 21 mujeres, y 9 hombres) produjo una conmoción e indignación tales en el conjunto de la opinión pública mundial que sirvieron de alicientes para la formación de un espacio plural interesado en recabar información de primera mano sobre las condiciones que hicieron posible esa matanza, pero también sobre el contexto general formado por todos los actores y escenarios del complejo proceso mexicano y chiapaneco em particular.

De esta forma surgió esta Comisión, cuyos integrantes comparten la preocupación por el respeto a los Derechos Humanos, y asumen que, en su calidad de conquistas del conjunto de la humanidad, la defensa y promoción de estos derechos son una obligación y un deber que no se encuentran sometidos a limitaciones por las fronteras nacionales. A partir de todo esto, la CCIODH fundamenta sus acciones de observación en México y elabora dos informes.

En el primero tra la visita de 210 personas de 11 países diferentes en marzo de 1998, se constata que en el Estado Mexicano de Chiapas la situación de los derechos humanos estaba en una situación de gravísimo deterioro:

"El Estado de Chiapas vive en estos momentos las consecuencias de una situación de profunda descomposición política y de preocupante desestructuración social. Desde todos los niveles se percibe como las estructuras institucionales son incapaces de asegurar la vigencia del Estado de Derecho, y como la sociedad chiapaneca y especialmente las comunidades indígenas sufren las consecuencias de una situación generalizada de violencia y de impunidad."

La CCIODH consideró que los factores que en mayor medida contribuyeron a generar dicha situación eran los siguientes:

1.- La intensa militarización de la zona.
2.- La presencia de grupos paramilitares.
3.- La situación generalizada de impunidad.
4.- Los obstáculos para el acceso a la justicia.
5.- La situación de miseria estructural que sufren las comunidades.
6.- La represión de las formas de organización de la sociedad civil.
7.- La falta de voluntad política para la búsqueda de una solución respetuosa con las demandas indígenas.

En base a ello se hicieron las siguentes Recomendaciones.

1.- Cumplimiento inmediato e íntegro de los Acuerdos de San Andrés y continuación del proceso de diálogo y negociación entre el EZLN y el Gobierno Federal.
2.- Respeto al proyecto de iniciativa de reformas constitucionales de la COCOPA.
3.- Consolidación de las funciones de las instancias de intermediación (CONAI) y de verificación (COSEVER).
4.- Poner fin a la militarización y paramilitarización (regreso del ejército a sus cuarteles y desarme de los grupos paramilitares).
5.- Asegurar el libre acceso a la justicia y promover la lucha contra la impunidad por medio de acciones globales y no meramente simbólicas.
6.-Amnistía inmediata a los presos políticos.
7.- Retorno de los desplazados a sus comunidades de origen, con la devolución íntegra de sus pertenencias y con la correspondiente indemnización por los daños y perjuicios sufridos.
8.- Fortalecimiento de los organismos de derechos humanos mexicanos y garantía de la presencia de organismos de carácter internacional así como el reconocimiento de un estatuto internacional del observador.
9.- La intervención de la Cruz Roja Internacional como medio de garantía de la asistencia humanitaria a la población debido al rechazo existente hacia la ayuda proviniente de organismos institucionales mexicanos.
10.- La designación de un relator especial de la ONU para México.
11.- El establecimiento de un mecanismo por parte de la Unión Europea de seguimiento de la "cláusula democrática y de derechos humanos", la cual, si el "acuerdo de asociación económica, de coordinación política y de cooperación" firmado con México se hace vigente, debería permitir proceder a una verificación permanente de la situación de los derechos humanos en México. Dicho mecanismo, debería integrar a diferentes organizaciones sociales mexicanas e internacionales de defensa de los derechos humanos.

En noviembre de 1999, una segunda comisión realizó una nueva visita de observación para evaluar la situación en aquel momento, y compararla con las observaciones y recomendaciones de la anterior.

En la segunda visita se constató el deterioro de la situación sobre los derechos humanos y el agravamiento de las condiciones de vida de las comunidades, provocado por el aumento de la militarización en la zona de conflicto, tanto en numero de efectivos como en el de instalaciones (cuarteles y retenes cuya actividad pone dificultad a la libre circulación de las personas). La actividad de los grupos paramilitares que se mantiene presente provocando miedo y terror en las comunidades indígenas y que se realiza en la más absoluta impunidad.

Como resultados de estas dos comisiones, se realizaron sendos informes que fueron entregados a todos los interlocutores de la Comisión en México, a todas las organizaciones y personas que los avalaron y a las instituciones internacionales (al Parlamento Europeo, a los Parlamentos Nacionales, al Parlamento Centroamericano, a la oficina de la Alta Comisionada para los DDHH de la ONU, entre otros).