Esta parte del informe presenta la problemática del conflicto desde la óptica de las comunidades indígenas visitadas. Transcribe sus inquietudes, su preocupación y reproduce las denuncias que ellas estimaron oportunas dar a conocer a la opinión pública nacional e internacional.

Pero más allá de juntar descripciones de situaciones particulares, la intención de este informe es brindar elementos para una comprensión global de la naturaleza del conflicto y de sus efectos. Es más, mientras en el primer informe de la Comisión (elaborado en Marzo de 1998) se hacía énfasis en hechos puntuales producto de la situación del momento, esta vez nuestros interlocutores enfocaron mas hacía la manera en que la prolongación del conflicto afecta su vida cotidiana, vulnera su derecho a circular, producir, comerciar y lesiona su libertad de actuar de acuerdo a su cultura y tradición.
Sirva entonces esta introducción para aclarar que si bien manifestaciones similares se observan en todas las comunidades, existen particularidades que tienen que ver con la ubicación geográfica y/o la estructura social e económica de cada comunidad o región. Por eso, trataremos de aportar precisiones sobre el contexto encontrado en cada lugar visitado así como de destacar algunos aspectos que nos parecen característicos del conflicto y que se ven ilustrados de manera especifica en uno u otro relato.

Así en San Andrés y Oventic se describen las estrategias utilizadas para negar y aniquilar las estructuras independientes del gobierno construidas a raíz de los acuerdos de San Andrés

 Los reportes sobre Polhó y la Zona Norte ejemplifican la problemática de los desplazamientos a causa de la violencia paramilitar con distintos matices: La concentración masiva de refugiados y los problemas que esto genera en el caso de Polhó,  la impunidad de la cual gozan los grupos paramilitares y la inseguridad que resulta por el control que ejercen sobre las vías de acceso en la Zona Norte.

Por su parte, el testimonio recogido en El Nuevo Brillante, (en la Zona de los Altos) da cuenta de la violencia contra comunidades, en donde la muerte de 8 personas ocurrida durante el ataque al Municipio de San Juan de la Libertad es directamente imputable a las fuerzas castrenses.

El caso del Municipio Autónomo Ricardo Flores Magón plantea la instalación duradera del Ejército después de incursionar en la comunidad de Taniperla el 11 de abril de 1998 y el control que desde entonces ejercen los pobladores afines al partido oficial - que se extiende a comunidades aledañas- y llega al punto de impedir con métodos intimidatorios cualquier visita de observadores foráneos.

Aquello a su vez explica la resistencia a la construcción de carreteras -que propiciarían una mayor penetración del ejército- encontradas especialmente en Amador Hernández (en la región Selva), pero también en el Municipio Autónomo de San Manuel y la comunidad Patria Nueva (en la región de Ocosingo).

Finalmente, en Morelia destacan los esfuerzos de las autoridades constitucionales (del municipio cercano de  Altamirano)  para mantener un estado de polarización interna mediante la practica de una política de favores a sus allegados y amenazas a las autoridades autónomas mientras en Moisés Ghandhi, se pone el acento sobre el ahogamiento económico, producto del cierre del acceso a la carretera ejercido por las autoridades del cuartel militar colindante con la comunidad.